1)用 R Studio 進行全部分析

　　少數極客程序員可能會偏愛基礎 R 下載中自帶的簡約終端界面，但對大多數人來說，R Studio 是不二之選，毫無疑問。你可以觀看我關于如何安裝它的視頻教程。

　　2)創建一個新項目(File > New Project)

　　你在這里設置的目錄就是用于存放數據、腳本以及分析相關所有文件的文件夾。

　　3)在項目文件夾中創建以下文件夾結構：

　　“data” 存放所有數據，并分為 “raw”(原始數據)和 “processed”(處理后數據)。

　　“raw” 里保存你錄入或下載的數據(通常是 Excel 表格)，

　　“processed” 里保存處理好、可直接導入 R 的 CSV 文件。

　　“output” 用來保存所有由 R 生成的圖表和表格。

　　“scripts” 用來放所有 R 代碼文件。

　　最后，“temp” 文件夾可選，但非常有用。它可以用來保存臨時輸出或你想嘗試但不會用于最終分析的腳本和文件，避免和正式結果混淆。

　　4)創建你的 R 腳本

　　除非你的分析非常簡單，一般都應該使用多個腳本(特別是當你的項目規模大到可以寫成論文時幾乎一定需要這樣)。理想情況下，每個腳本都是一段可以一次性運行的代碼。雖然并非總能做到，但盡量保持這一原則，并為每個分析部分單獨創建腳本。我建議你一開始就創建以下腳本：

　　一個用于加載所有包和自定義函數的腳本

　　一個用于清理與準備數據進行分析的腳本

　　一個用于項目中每個分析的腳本。例如，在一個研究中，你可能既需要一個可視化用的雙直方圖圖形，也需要一個線性混合效應回歸來檢驗主要假設。這兩個步驟都應該用單獨的腳本。

　　腳本命名格式推薦為：“##_name_v#”，其中 ## 表示腳本運行順序，“name” 是描述，“v#” 是版本號。有時你需要調整腳本，但又希望保留舊版本以防出錯，這時創建一個更新版本的文件就很有必要。所以最終你的一組腳本可能如下：

　　00_packages_v1.r

　　01_dataclean_v1.r

　　02_HistogramFigure_v1.r

　　03_LMER_v1.r

　　5)每個腳本開頭都寫上整個項目的說明以及腳本的具體功能

　　注釋越清晰越好，這里給一個示例：

　　內容大致就是這樣!以后每次打開 RStudio 中的項目，所有腳本都會自動打開。只需要確保在運行其他腳本前先運行 packages 和 dataclean 腳本即可。使用 RStudio Projects 的好處是：不需要寫 setwd()，只要在讀取數據時加上 “data/processed/”，導出文件時加上 “output/” 或 “temp/” 即可。